《药师琉璃光如来本愿功德经》，梵名 Hhagavān－bhaisajyaguru－vaidūrya－prabhasya pūrvapranidhāna－vi sŚe sa－vistara。全一卷。唐代玄奘译。略称《药师如来本愿功德经》《药师本愿功德经》《药师本愿经》《药师经》。收于《大正藏》第十四册。
依华严宗讲经的法门，《药师琉璃光如来本愿功德经》的经名是人法立题。药师琉璃光如来是人，“本愿功德”是法。“药师”是专用名，“琉璃光”是其别名，“如来”是所有的佛都使用的通名。所谓“本愿功德”，指原先此佛尚在菩萨因地时所许下的宏愿以及随此宏愿而实践所成就的功德。菩萨誓愿可以分为一切菩萨共有的通愿和某一菩萨特有的“别愿”。如想成佛，想度尽世间众生，都属于“通愿”；药师佛的“别愿”体现在经文中所强调的未成佛时的“行愿”。因此，本经从经名上看，是一部宣说药师琉璃光如来本来所发的誓愿和依此愿力而具有的功德的经典。
本经在中国的传译先后有五次。依其译出时间之先后为:(一) 东晋帛尸犁密多罗译 (公元三一七——三二二年) 本，名为《佛说灌顶拔除过罪生死得度经》，附于《佛说灌顶大神咒经》中；(二) 刘宋时慧简法师译 (公元四五七年) 本，名《药师琉璃光经》，今佚；(三) 隋代达磨笈多译 (公元六一五年) 本，名为《佛说药师如来本愿经》；(四) 唐代玄奘译 (公元六五○年) 本，即为本经；(五) 唐代义净法师译 (公元七○七年) 本，名《佛说药师琉璃光七佛如来本愿功德经》。前面四译相同，估计用了相同的梵本，唯义净译本有多处差异，其中附有七佛神咒等，具有密教色彩。一般最通行者为玄奘译本。
本经在西藏的传译有两种，其中一译相当于本经，题为 Bcom-ldamh h das sman-gyi bla vaiduryahihod-kyisnon-gyismon-lam-gyikhyadparrgyas-pa。另一译相当于义净之译本，题为 De-bshin—g sŚegs-pabdum-gyisnon—gyismon-lam-gyikhya-par rgyas—pa。
《药师琉璃光如来本愿功德经》是佛应文殊师利菩萨要求而开示的净土法门，为佛教中的净土经典之一。它的主要宗教价值在于描绘了东方琉璃净土，宣说了药师如来的本愿功德，是药师佛信仰主要依据的经典。
一、在大乘佛教中，有多少佛就有多少净土，有十方佛就有十方净土，有无量佛就有无量净土。在《阿弥陀经》《无量寿经》《观无量寿经》中，西方极乐世界为阿弥陀佛所居住的地方，是为西方净土；在《弥勒上生经》中，兜率天为弥勒佛居住的地方，即是兜率净土；在本经中，东方琉璃世界为药师琉璃光如来居住、化导众生的地方，是为药师如来之净土，或称为药师净土、琉璃净土、东方净土，又作净琉璃世界。本经对此这样描述: 东方琉璃世界在距此十个恒河沙国土以东，它纯一清净，没有女人，也没有地狱、饿鬼、畜生三恶道的存在，没有人们因痛苦而发出的呻吟。其地由净琉璃所敷，城阙宫殿及诸庙宇，也都是由金、银、琉璃、玛瑙所建成。它的庄严殊胜之处，与阿弥陀佛的西方极乐世界相互辉映，等无差别。这样清净的佛土世界，同样是众生应当发愿往生的地方。
东方琉璃世界以药师琉璃光如来为教主。药师琉璃光如来，简称药师如来，或药师佛。该佛能除众生之病，故名药师；能照三界之暗，故云琉璃光。除药师佛外，东方琉璃世界还有日光遍照和月光遍照两大上首菩萨。日光遍照菩萨为药师佛的左胁侍，月光遍照菩萨则为药师佛的右胁侍。他们协助药师佛宣教行教。这三者合称“药师三尊”或“东方三圣”。此外，还有誓愿护持药师佛法门的十二药叉大将。他们各率七千药叉眷属，在各地护佑受持药师佛名号的众生。
二、庄严清净的东方琉璃世界是药师佛因地本愿所证成的世界。药师佛的本愿即药师佛在行菩萨道时所发的十二大愿。这十二大愿，既有药师佛以自身光明炽燃、照耀无数无边世界，或身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大照彻幽冥众生，使之证得无上菩提之愿，又有较具体的诸如“令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少”，使众生众病悉除，身心安乐，消除无量灾难等愿。这些誓愿，正如药师琉璃光这一名字所已呈示的那样，蕴含了药师佛的特别的圣德。祛除众生之病苦厄难，使众生身心安乐，无不显示药师佛的慈悲；以明净清澄的琉璃光辉朗耀幽冥众生，消除众生业障，使众生证得无上菩提，则表征着药师佛无所不彻的智慧。这种慈悲与智慧的内在合一，正是药师佛深受僧众崇敬、虔信的内在因由。
药师佛的这些誓愿，就其主旨来说，是使众生早证菩提。但另一方面，药师佛也注重为众生求得现世的安乐。这与阿弥陀佛的偏向来生安乐稍有不同。这也就是佛教界将药师法门视为现世众生消灾延寿法门的缘由。
三、本经进一步宣说了药师佛的本愿功德和修持药师法门的方法，具体地表述了药师佛信仰。
首先，药师佛以其在菩萨因地时所发的十二大愿的愿力，使听闻、称念他的名号、虔诚供养他的众生所求的愿望得到满足的功德。诸如，堕恶趣者，将不堕恶趣；为众病所苦，则病苦消除；有各种灾难恶相，则全都隐没；求长寿则得长寿，求富饶得富饶，求官位得官位，求子女得子女。由于药师佛的这种种功德，极其符合众生在现世的愿望和要求，因而受到上下阶层的普遍欢迎。
其次，对众生来说，只有修持药师法门，才能依仗药师佛的愿力，从而使自己或使别人所求的愿望得以满足。本经叙说的修持药师法门的方法，主要有: 一是听闻、忆念、受持药师佛的名号；二是恭敬供养药师佛像；三是受持念诵药师佛的“除灭一切众生苦恼”神咒；四是造续命幡灯，放生修福；五是读诵书写本经。这些方法是信仰、归依药师佛的具体方法。
本经除了表述药师佛信仰，还对药师佛信仰和阿弥陀佛信仰做了沟通。经中指出，若有受持斋戒而得到善根的众生，发愿往生西方极乐世界阿弥陀佛那里听闻正法，其中还有未得到确定保证的，如果听闻了药师琉璃光如来的名号，那么在他们生命即将结束之时，就会有文殊师利等八大菩萨从空中前来迎接，给他们指示道路，让他们在那清净的佛国净土中得以自然化生。这即是说，众生听闻了药师佛的名号，药师佛也可以帮助众生往生西方阿弥陀佛的净土。
四、药师佛信仰在中国的盛行是在南朝刘宋之后。在大乘佛教中，药师佛和阿弥陀佛的地位不相上下。但相比较而言，药师佛信仰在中国历史上远不如阿弥陀佛信仰流行。他虽与释迦牟尼佛、阿弥陀佛、弥勒佛同为各个佛土世界的教主，但其影响要比后三者小得多，不过，药师佛所独具的救众生之病源，治无明之痼疾，消灾延寿的功德，在民间有其独特的影响。民间的信奉药师琉璃光如来为药王以消灾除病之俗，即与本经有关。试举一例，苏轼《东坡后集》卷二十 <药师琉璃光佛赞> 云:“佛弟子苏籥与其妹德孙病久不愈，其父过，母范氏供养祈祷药师琉璃光佛，遂获痊。其大父轼特为造画尊像敬拜，稽首为之赞曰:‘我佛出现时，众生无烦恼。世界悉琉璃，大地皆药草。我今众稚孺，仰佛如翁媪。面颐既圆平，风末亦扫除。’”
《药师琉璃光如来本愿功德经》译者为唐代三藏法师玄奘。玄奘，俗姓陈，本名袆，河南洛州缑氏县 (今河南省偃师县南境) 人。生于隋文帝开皇二十年 (公元六○○年)。少时因为家境困难，跟着他的二兄长捷法师住在洛阳净土寺，学习佛经，十一岁时就熟习《法华经》《维摩诘经》。十三岁时洛阳度僧，破格入选。隋炀帝大业末年 (公元六一六年)，兵乱饥荒，玄奘和他的二兄前往长安 (今陕西省西安市) 后，得知当时名僧很多聚集在蜀地 (今四川省)，因此又同往成都。三五年间，究通佛教各部，声誉大著。唐高祖武德五年 (公元六二二年)，玄奘在成都受具足戒。武德七年 (公元六二四年)，离开成都，沿江东下参学。贞观元年 (公元六二七年)，玄奘再到长安，跟从道岳、法常、僧辩、玄会诸师钻研《俱舍》《摄论》《涅槃》，他很快就穷尽各家学说，受到称赞，声誉满京师。但同时，因有关经典说法不一，疑惑颇多，于是玄奘决心往印度求法。当时出国的禁令很严，他正式上表书请求赴印度，没有得到许可。贞观三年 (公元六二九年) 因北方连遭灾荒，朝廷准许道俗四出就食，他得便西行，经兰州、瓜州 (今甘肃省安西县)、玉门关到达高昌 (今新疆吐鲁番一带)，受到高昌王的款待。再离开高昌，凭着西突厥可汗致所经各国的信件和陪送的使者，很顺利地经过西域笯赤建等十国，越过大雪山，直到邻接北印度的迦毕试国。再由此东行，进入北印度境内一些国家，在此先后居停两年参学。随后再入中印度境内的国家。最后于贞观七年 (公元六三三年) 到达摩揭陀国的那烂陀寺，参谒了戒贤三藏，受到千余僧众的欢迎。这样，玄奘从长安出发，一路历经艰难，边行边学，到达那烂陀寺前后大约有四年时间。
玄奘到了那烂陀寺，被推为通三藏的十德之一，很受优遇。他在寺中学了五年时间 (贞观八至十二年，公元六三四—六三八年)。然后继续在东印度、南印度和西印度等地游历参学，凡经四年 (贞观十二至十六年，公元六三八—六四二年)。再回到那烂陀寺，应戒贤三藏的嘱托，为寺众讲《摄论》《唯识抉择论》，并沟通了当时大乘学说中“瑜伽”“中观”两家的论争，著《会宗论》三千颂，得到戒贤三藏和诸大德的赞许。至此，玄奘在印度所学已经大成，很想回国弘通，准备东归。这时适值羯若鞠阇国戒日王的迎请，参加戒日王在曲女城为他建立的大会。此会有沙门、婆罗门，外道义解之徒参加，以玄奘所著《会宗》《制恶见》两论的论点标宗，任人难破。但经过十八天大会终了，没有一人能提出异议。玄奘得到大小乘佛教徒的一致推崇，被冠以“大乘天”和“解脱天”的尊称。此后才起程东归。一路且行且停，于贞观十九年 (公元六四五年) 正月到达长安。
玄奘回国后，唐太宗留他住长安弘福寺译经，并为他组织了规模完备的译场。玄奘于这年五月，创译《菩萨藏》等经，次年写成《大唐西域记》。贞观二十二年 (公元六四八年) 译完《瑜伽师地论》一百卷的大部之后，请唐太宗替新译诸经做了总序，即后世所传的《大唐三藏圣教序》。同年十月，入住新建大慈恩寺。唐高宗永徽三年 (公元六五二年) 春，他请就大慈恩寺造西域式石塔，以安置带回经像。因运石工大，改用砖造。永徽四年 (公元六五三年) 夏，印度大菩提寺智光、慧天来信问候他，次年他分别回信答谢。永徽六年 (公元六五五年)，尚药奉御吕才，诵读玄奘所译《因明》《理门》两论，自出新解，指议长短；后经玄奘亲自和他辩论，他才辞屈谢退。显庆元年(公元六五六年) 二月，玄奘为鹤林寺尼宝乘等五十余人授戒，又为德业寺尼众数百人授菩萨戒。同年夏间玄奘病重。他恐怕病危，表请高宗重定佛教与道教的名位次第，以及废除僧尼依世俗法律科罪。显庆三年 (公元六五八年)，他移居新建的西明寺，当时印度僧人阿地瞿多和那提相继来华，译事不专，他因而请求停译，未得允许。接着因大众请他详译《大般若经》全部，以京师纷扰，不便译经，表请赴玉华宫翻译。显庆四年 (公元六五九年) 冬，他迁往玉华宫。次年初即开始译《大般若经》，至龙朔三年 (公元六六三年) 冬完成，全经十六会，总六百卷。他在译完《大般若经》后，自觉体力衰竭，不再从事译经，专精行道。麟德元年 (公元六六四年) 初，他在玉华宫染病，病中命门人嘉尚具录所译经论以及造像、写经、供养、施舍等项，宣读一过，他很觉自庆，于二月五日中夜圆寂。