《药师琉璃光如来本愿功德经》作为一部宣说东方琉璃净土和药师佛信仰的主要经典，它自传译以来，受到了相当的重视，陆续出现了与它有关的注疏，对它加以弘扬。
一、《药师经疏》一卷，唐代窥基撰。分两个部分。第一部分为《药师经》的开始至第十二大愿处的疏解；第二部分为《药师经》的第十二大愿以后至结尾的疏解。窥基为玄奘的高足，他在本疏中不时将本经的玄奘译本与刘宋时的译本相对照，对本经逐段或逐句加以提示和解释。其解释广征博引，内容比较丰富，有些地方还极为详细，对理解《药师经》极有帮助。但相比较而言，本疏对《药师经》的宗教价值没有加以足够的突出和强调。
二、《药师三昧行法》，全一卷，明代僧受登纂集。本书系根据《药师如来本愿功德经》而作之忏法书，旨在说明依药师如来之誓愿而离苦得乐的行法。内容包括:(一) 定名，叙述药师三昧名称之缘由。(二) 劝修、劝诫修习本三昧，则所求长寿、富饶、官位、男女等，皆得顺遂。(三) 方法，揭示供养药师如来之方法。(四)释疑，因当时西方往生的思想极为盛行，故作释疑，以肯定本书为致福消灾之要法及明心作佛之秘典。后世凡是消灾延寿的法事，即药师忏，多根据本书而来。
三、《药师经直解》，一卷，清代灵耀撰。分为两个部分。一为总题，对本经加以总的题解，认为本经“以人法为名，诸法甚深行处为体，愿行方便为宗，与拔功德为用，大乘生酥为教相”。这可说是对本经较为具体的总论。二为经文，把经文分判成 (一) 序，(二) 正宗， (三) 流通这三个部分，既对本经的经文逐段予以解释，也对本经的义理有所发挥。经中云，众生恭敬供养药师佛，念药师佛的本愿功德，则将“随所乐求，一切皆遂: 求长寿得长寿，求富饶得富饶，求官位得官位，求男女得男女”。灵耀认为，这有两方面意义，一是显示药师佛广灭恶业的功德；二是“足见如来善巧方便渐次诱引之妙。盖不信之人不知出世妙道，但知求世间浅果富寿等事以叩如来，如来若不遂其所愿，则此人永无回心向佛之日矣。故佛因其倒求且遂倒愿，愿既遂已，方知敬佛，专心三宝，可以诱之出世矣。此独药师与观音能为之也”。这即是说，药师佛信仰的特点正是在于通过充分满足众生的现世利益而最终把众生引向佛法之门。
四、《药师经灯燄》一卷，清代净挺著，为《阅经十二种》之一。篇幅极短，但较为集中地明宣了本经的宗教价值。这主要有两个方面: 一是指出东方琉璃世界的特别之处。东方琉璃世界与西方极乐世界等无差别，“只是一件，西方极乐即无退转，东方世界亦可生天为转轮圣王，或生人中作国王、大臣、长者、居士，多饶财宝，富有仓廪，威德具足，形相端好……不但作诸事业，随意所趋，乃至三十二相，八十随形，直至菩提与释迦无二无别”。二是认为本经更为殊胜的在于，“不要你参禅，也不要你念佛，只四十九日礼拜称诵这《药师经》，身口意业自然清净，多生罪障，累劫冤牵，一时冰释了也。悟与不悟，了与不了，且慢商量，洒洒落落做一个光明洁净有道的人”。这点出了本经有着与禅宗、净土宗思想不同的根本旨趣: 不在于你有无悟透，也不在于你临终有无归宿，重要的是你在现世的光明洁净。
此外，本经的有关著述尚有实观的《药师本愿经义疏》三卷，靖迈、神泰、遁伦、憬兴的《药师本愿经疏》各一卷，善珠的《药师经钞》二卷。本经古来在朝鲜、日本也较流行，有着相当的影响，其注疏有新罗太贤的《药师经古迹》二卷，日本亮汰所撰的《药师经纂解》四卷。