像这样贪污无能、置中兴事业于不顾的新政府，当然要引起当时士大夫的风议，特别是东林遗老和复社诸生，他们看到阉党逆案中的干儿子，又做了当代的要人，更是愤愤不平。
为了镇压士大夫的风议，马士英、阮大铖等阉党余孽，乃恢复东厂缉事的组织，并翻刻《三朝要典》，更立“顺案”。“东厂缉事”者，以现代语译之，就是今日法西斯国家中的特务队。“顺案”者，是以李自成的国号为名，因为复社的名士周钟曾为李自成起草过登极的诏书，这完全是用以对付复社诸君子所指摘之逆案的。其意抑若曰：我们不过做过逆阉的干儿，而你们之中，却有李自成的党羽。
“顺案”成立了，首先被捕的就是周钟之弟周镳和雷演祚，以后逮捕的范围扩大到一切爱国的士大夫乃至七郡清流。大敌当前而党狱再起矣。朱一是《可堂集·周雷赐死始末》云：
阮大铖居金陵，诸生顾杲等出留都防乱公揭讨之，以示镳，镳力任，大铖以故恨镳。会马士英以逮治从逆之周钟并及镳，大铖复罗致镳与演祚曾主立潞王，为姜曰广之私党。于是朱统疏刻曰广，并及二人。而演祚以效范志完周延儒等，廷臣交忌之，遂有是逮。
同书又云：
大铖遂谋杀周雷，乘间潜告士英曰：“检相君者，史同谋也，周雷实主之，日夜谋不利于相君。不击南昌（姜曰广），无以杀周雷；不杀周雷，无以遏诸生之横议；而东林祸君未有已也。”士英心动，风奸人朱统攻南昌姜相曰广去；次周雷，又次士大夫及七郡清流，如黄道周、杨廷麟、吴甡、刘宗周、周孝廉、茂才杨廷枢、顾杲、吴梦笙、沈寿民、沈士桂、白梦鼎、梦鼐等七十二人皆不免。大指谓谋立疏藩，别图拥戴，于是缇骑遍七郡，而周雷投狱刑部矣。
虽然如此，仍然不足以泄马士英阮大铖的深仇夙恨，于是又再制造一个僧大悲的案子；企图利用僧大悲的口供，把南中所有的正人君子都加他们一顶东林或复社的帽子，一网打尽。僧大悲的案子，是南朝三疑案之一，因为此外还有伪太子，伪妃二案，合称三疑案。关于僧大悲案，钱秉镫《藏山阁文存》卷六《南渡三疑案》云：
甲申年，南渡立国。十二月，有僧大悲，踪迹颇异。至石城门，为逻者所执，下锦衣卫狱。……据供称先帝时封齐王，又云吴王，以崇祯十五年渡江。又言见过潞王。其语似癫似狂。词连申绍芳、钱谦益等，于是阮大铖、杨维垣等，令张孙穷治之，欲借此以兴大狱，罗织清流，遂造为十八罗汉，五十三参（七十二菩萨）之名，如徐石麒、徐汧、陈子龙、祁彪佳等皆将不免。东林复社，计一网尽之……谦益、绍芳各具疏辩，士英亦不欲穷其事，遂以弘光元年三月，弃大悲于市。
阮大铖又想借伪太子案，陷害东林复社的君子。据徐鼒《小腆纪年》所载：“大铖作正、续《蝗蝻录》、《蝇蚋录》。盖以东林为蝗，复社为蝻，诸从和者为蝇为蚋。”［1］他想把这些蝗蝻蝇蚋和伪太子连系起来。但审判的结果，伪太子不是东林，也不是复社，而是故驸马都尉王昺的侄孙王之明。
关于伪皇后的事，也是大大的疑案。福王既立，有妇人童氏，声言为福王之妃，但福王坚不承认，虽欲一见而不许。并投之牢狱，说是伪妃。即因童氏的出现，明朝当时的人，遂有怀疑福王本人不是老福王的儿子。因为当李自成陷洛阳时，福王父子，都被李自成作了福禄酒，福王的世子，早已死了。后来做了弘光帝的福王，是马士英随便找来做傀儡的。钱秉镫说：“童氏但知德昌即位，以故妃诣阙求见；而不知今日之德昌，非昔者之德昌也。”黄宗羲也如此说，大概有些道理，不然何以不敢见面呢？
总之，弘光时代的南京，不仅是贪污的渊薮，也是杀人犯的巢穴。那些阉党余孽，他们不敢打清兵，也剿不平流寇，但他们有本领来屠杀赤手空拳的正人君子、士大夫。在这个时候，人民所看见的不是大军北伐抵抗清兵的南下；而是缇骑四出，搜捕爱国的志士。不是严惩汉奸降将，以整肃民族战争的阵容，而是罗织“顺案”，强调内部的矛盾。在大乱当前之时，而黑狱繁兴，冤号载道，这样倒行逆施，当然天怒人怨，还说甚么中兴大业呢？当时御史祁彪佳，曾上疏曰：
洪武初，官民有犯，或收系锦衣卫狱。高皇帝因见非法凌虐，二十年遂焚其刑具，移送刑部审理。是祖制原无诏狱也。后乃以锻炼为功，以罗织为事。虽曰朝廷之爪牙，实为权奸之鹰狗。口辞从迫勒而来，罪案听指挥而定，即举朝尽知其枉，而法司谁雪其冤？……迨后东厂设立，始有告密之端。用银而打事件，得贿而鬻刑章。飞诬多及善良，赤棍立成巨万。招承皆出于吊拷，怨愤充塞于京畿……本无可杀之罪，乃致必杀之刑……盖当血溅玉阶，肉飞金陛，班行削色，气短神摇。即恤录随颁，已魂惊骨削矣。［2］
但是祁彪佳的忠谏，并未发生效力。以后礼科袁彭年也上疏请废厂、卫。其疏有云：
夫即厂、卫之兴废，而世运之治乱因之。顷先帝朝亦尝任厂、卫访缉矣，乃当世决无不菅而得之官，中外自有不胫而走之贿。故逃网之方即从密网之地而布，作奸之事又资发奸之人以行……刁风所煽，官长不能行法于胥吏，徒隶可以迫胁其尊上，不可不革。［3］
疏上，贬浙江按察司照磨。
注释：
［1］徐鼒：《小腆纪年》卷九，第19页。
［2］三馀氏：《南明野史》卷上，第17页。
［3］三馀氏：《南明野史》卷上，第20页。