铁木真攻灭太阳罕部，最终奠定了他称雄漠北的大局。同时，他也没有忽略利用神权的力量来加强自己的声望和地位。
蒙古人当时普遍信仰一种原始的巫教，叫萨满教。他们相信巫师能够和上天通言，传达上天的意旨。这时出现了一个名叫阔阔出的巫师。据说，他在极其寒冷的冬夜，赤着脚穿过草原和群山。当他回来之后，就向大家宣布：“我已见到了上天。上天告诉我说：‘我已经把天下给了铁木真和他的子孙。’”
所谓“天下”，本来是铁木真顺应时势、依仗他个人的杰出才能夺来的。不过，他当然十分乐意以“长生天意志”的名义去接受它。现在，这样的时机终于成熟了。
1206年春天，四十五岁的铁木真在他祖先一直以来居住的鄂嫩河源头召开隆重的忽里勒台（“大聚会”），竖起九脚白旄旗，宣布登上大汗的宝座。大斡耳朵（宫帐的意思）面临的宽阔的广场挤满了游牧的骑士。一桶桶的酸马奶和各式各样的奶制品源源不断地送进斡耳朵，也散发给宫帐外广场上的人们。阔阔出在开大会时又装神弄鬼了一番。他对铁木真说：“如今地上称汗的各国君主都被你征服了，他们的领土都归到你的治下。所以，你应该有‘普天下之汗’的尊号。上天的旨意，你应该被称为成吉思汗。”
“成吉思”的意思，据当时有的人说是“天赐”。后来还有记载说，铁木真即位前，有五色鸟在天空中飞翔，不停地发出“成吉思、成吉思”的叫声，所以就用这吉祥的声音来做称号。而另一些学者研究的结果，认为这个字来源于突厥语词汇“海洋”，大概是以此来形容大汗像海洋一般广阔而无上的权力。
成吉思汗建立的国家，称为“也客忙豁仑兀鲁思”，意谓大蒙古国。在这以前，大漠南北许许多多部落都有自己的名称，蒙古部只是其中的一部。这时，各部被统一在大蒙古国的统治之下，人民按千户的组织形式编制，于是共同使用了“蒙古”作为他们的总名称。
成吉思汗即位后，就将全蒙古百姓划分为九十五个千户，委任共同建国的功臣做千户那颜。千户之下为百户；百户之下为十户，又称牌子头。九十五个千户中，除少数是由同部落人组成的以外，多数是将被征服的各部打散，混合编组。每一个千户都指定一个地盘供他们游牧，由千户以下各级那颜统领。各千户所管的百姓，不许变动，任何人如果离开自己所属的千户、百户或十户，跑到别的单位去，就要被处死，接受他的人也要受到严厉的惩罚。国家按千户来征派徭役和签调军队，凡十五岁至七十岁的男子都要服兵役，随时根据命令，自备马匹、兵仗，由本管那颜率领出征。因此，所有蒙古成年男牧民，同时也都是战士，他们“上马则备战斗，下马则屯骤牧养”。这样，千户既是大蒙古国的地方行政单位，又是军事单位，它代替了原来蒙古草原上星罗棋布的部落和氏族。千户制度的建立，使得大蒙古国的统一大为巩固了。
成吉思汗又任命亲信大臣木华黎为左手万户，管辖东边直到大兴安岭的各千户；博尔术为右手万户，管辖西边直到阿尔泰山的各千户。此外，还任命原来蒙古长支氏族的贵族豁尔赤为管辖额尔齐斯河以东林木中百姓的万户；忠心耿耿为成吉思汗效力的纳牙阿，则封为中军万户，统领成吉思汗的护卫军。
成吉思汗的家族是大蒙古国的最高统治集团，称为“黄金家族”。按照蒙古人自古以来分配家产的传统，他把一部分百姓分配给弟弟和儿子们，并划定了他们各自的牧地范围，蒙古语称为“农土”（营盘地）。大部分百姓归成吉思汗本人所有，按照蒙古人“幼子守产”的习俗，这份财产应由他的幼子拖雷继承。万户、千户等各级那颜的职位都是世袭的，但如果不称职或不忠诚，大汗可以将他们撤职，另任他人。他们是蒙古皇家的臣仆，同时又是高踞于普通牧民（哈剌抽）之上的统治阶级。成吉思汗就是通过那颜阶级来统治全蒙古百姓的。
还有一些功臣，由于对成吉思汗及其家族有恩，如在紧急关头救了他们的性命，则赐以“答剌罕”（自由自在的意思）的封号。得到这种特殊的恩封，就可以免除贡纳的义务；打仗时抢的东西，围猎中捕到的野兽，都可以完全归自己所有；游牧地区可以自己选择；可以不经通报就谒见大汗；九次犯罪不罚。答剌罕的封号也准许世袭。
为了确保大汗至高无上的威权，成吉思汗将原来的护卫军扩充为一万名，建立了一支由自己直接控制的强大的常备武装力量。这支军队既可以在大汗亲自统领下对外作战，又可以对各个千户起控制和统摄的作用。护卫军分为宿卫（一千人）、箭筒士（一千人）和散班（八千人）。他们的职责，平时是保卫大汗的金帐和分管汗廷的各种事务，战时则跟随出征。成吉思汗规定了严格的护卫制度：宿卫值夜班，箭筒士和散班值日班，各分为四队，每队轮流值三昼夜，周而复始，因此称为“四怯薛”，“怯薛”就是轮番值班的意思。四怯薛之长分别由成吉思汗最亲信的“四杰”——博尔忽、博尔术、木华黎、赤老温四人担任，并许其世袭。
成吉思汗又任命养弟失吉忽秃忽（一作胡土虎）为大断事官（蒙古语称为札鲁忽赤），掌管人户的分配和审断盗贼、诈伪的事，“凡断了的事，写在青册上，以后不许诸人更改”。大断事官是大蒙古国的最高行政官，相当于中原官制的丞相，所以后来汉族人称他为“胡丞相”。
蒙古人原来没有文字。1204年，成吉思汗消灭乃蛮部时，俘虏了为乃蛮可汗掌管印章的畏兀儿人塔塔统阿，问他管的印是做什么用的，塔塔统阿回答说：“凡是出纳钱谷、委任人材，一切大事都要用它作为信验。”乃蛮可汗的印是用古畏兀儿字刻的，成吉思汗知道塔塔统阿深通畏兀儿文，就命令他用畏兀儿字母来写蒙古语，创制了古蒙文，并且派贵族子弟跟他学习。蒙古人有了文字以后，文化进步很快，三四十年以后，就产生了用这种畏兀儿字蒙古文写的历史、文学巨著《蒙古秘史》（明初汉译本改名为《元朝秘史》）。后来元世祖忽必烈又命国师八思巴采用藏文字母创制蒙古新字，作为元朝官定的蒙古文。但元朝灭亡后，八思巴创制的蒙古新字就不再使用，而畏兀儿字蒙古文经过改革，更趋完善。一直到现在，我国蒙古族还使用这种字母。
蒙古文创制出来后，成吉思汗就用它来发布命令，登记户口，记录所办的案件和编集法令。在怯薛的职务中，设有必阇赤（书记）一职，专掌文书。随着大蒙古国领土的扩大，文书的使用范围越来越广，又增加了掌管汉文、畏兀儿文和回回文字（波斯文）的必阇赤，担任必阇赤长的人，地位也更加重要了。
大蒙古国建立之初，最重要的事情是组织军队。万户是军队的统帅，千户以下，既领兵作战，又管理百姓。国家的行政设置比较简单，到后来才逐步完善起来。虽然如此，大蒙古国的建立，毕竟是漠北高原最重大的历史事件之一，同时也是成吉思汗一生中最为辉煌的业绩之一。
十二世纪末，蒙古高原上有近百个大小不一、语言文化各有差异的游牧部落。他们互相掠夺仇杀，给草原社会的居民带来了很大的灾难和死亡。当时，谁能统一各部，制止抢掠和残杀，谁就会受到人民的拥戴和歌颂。成吉思汗完成了这一历史性的任务。由他所实现的蒙古各部的统一，打破了各部之间长期的割据状态，形成了地域的共同性，促进了他们之间的经济文化联系和共同语言的使用，为蒙古民族共同体的形成奠定了基础。所以，成吉思汗作为蒙古族的民族英雄，是当之无愧的。
建国后不久，他与巫师阔阔出的矛盾便逐渐激化了。这个阔阔出自以为传达“长生天”的旨意，帮助铁木真坐上大汗的宝座立下了大功，所以日益专横，势力也慢慢地扩大了。连成吉思汗的兄弟们，也被他又是殴打又是罚跪。成吉思汗的夫人孛儿帖流着泪对成吉思汗说：“阔阔出在前将弟弟哈撒儿打了，如今又要你幼弟斡赤斤跪，是何道理？你今健在，他尚将你桧柏般长成的弟们残害。久后你老了（意即去世后），如乱麻群鸟般的百姓，如何肯服你小的歹的儿子们管？”
关于如何对待阔阔出的问题，成吉思汗或许已经思考很久了。听完孛儿帖的话，他沉思一番，断然对斡赤斤说道：“阔阔出如今来时由你。”
阔阔出又来到成吉思汗的幄帐时，斡赤斤便起身揪住他的衣领，恨恨地说：“你昨日教我服罪，我如今与你比试。”两人走出帐门，斡赤斤事先交代好的三个力士一哄而上，扭断阔阔出的脊骨，他很快地断了气。成吉思汗在与神权的争夺中，进一步巩固了汗权的地位。现在，他决定要到蒙古高原以外的地区，去施展自己的雄才大略了。