南宋灭亡后，张世杰的旧部联合东南沿海各族人民继续反元。漳州人陈吊眼联合畲族妇女许夫人在福建漳州起义。黄华在建宁起义。当时浙江南部、福建、江西南部、广东东北部是畲族活动的地方，这一带的起义多和南宋的抗元军有联系。由于元朝政府的骚扰，后来西南各族也纷纷起来反抗。壮族黄圣许、岑毅等活动于广西左右江一带地方。为什么我们说他们是壮族呢？因为这一带是壮族分布的地方。朱元璋说过：唐宋以来，左右江一带（南宁）是黄、岑世代居其间。每次战败他们就逃到越南，元军一退，他们又出来活动，打游击战持续了多年。彝族人民的斗争也有多次，著名人物有宋隆济、蛇节（女首领），活动在贵州境内。在元朝时，贵州东部思南、北部遵义是苗人，贵阳、水西一带都是彝族聚居的地区。很早以来，贵州就设立土官，蛇节就是一个土官的夫人。1300年元朝政府用兵八百媳妇国（今泰国北部、老挝西北部、我国云南车里之南，传说该国酋长有妻八百，故名），派刘深领兵，途经贵州，强征各少数族人民从军，髡去头发，面上刺字，从军后，三四年不回来，同时还强调军需品，暴虐万分，激起人民反抗。蛇节所在地水西地方很穷，被强征三千两银子、三千匹马。于是蛇节率领群众起兵反抗。1303年战斗失败，蛇节被俘遇害。此外，在广西、湖南、贵州之间，有瑶族吴天保于1344年发动的起义，他率领军队从广西全州一直打到湘西洞庭湖边。这是几次规模较大的少数民族的反抗斗争，这些斗争不久都失败了。
元朝对北方汉族人民的起义是进行严厉镇压的。当时中原的白莲教非常盛行。元朝历代皇帝都禁止白莲教的传播。但是愈禁止，民间传播愈广。最后白莲教组织的红巾军起义了。红巾军主要有东系红巾军和西系红巾军两支。东系红巾军以徐州、颍州为根据地，由刘福通、芝麻李领导；西系红巾军主要在长江中流，由彭莹玉、徐寿辉等领导。关于红巾军起义的著作，解放后多得很，这里就不详细讲了。
元末农民战争的胜利果实最后被朱元璋夺去了。他是在红巾军起来以后起兵反元的。红巾军东部这一支，由毛贵率领的起义军曾经进入了山东，在那里选用官吏，分守诸路，设立屯田，开垦土地，想在那里建立一个根据地，并且想建立政权。后来又北上，一度打到北京附近的通州南面。元朝政府大为震动。另外一支由关先生、破头潘（潘诚）、沙刘二领导的起义军，由太原经大同直到上都。把上都烧了以后，又东向克复辽阳，并进入高丽，占领高丽京城。毛贵从山东派去许多只船渡海支援关先生。最后被高丽李成桂打败，退回东北。李成桂后来夺取政权做了国王，改国号为朝鲜。朱元璋兴起后，首先以南京为根据地，接着派兵北上，于1368年攻下北京城。元顺帝北逃至上都，元朝就此灭亡了。但是，元顺帝北逃后，仍自称为中国的皇帝。他死后，儿子爱猷识理达腊跑到和林，建立年号为宣光。朝鲜在元朝灭亡以后，还用宣光年号。
朱元璋军进入北京具有重要意义。自从936年石敬瑭割燕云十六州起，到1368年朱元璋军占领北京止，北京先后共四百多年一直由北方少数民族的统治者所占领，先是契丹，后是女真，接着是蒙古。
汉族地主武装与统治者配合，积极镇压元末起义。早在红巾军起义前，河南有信奉白莲教的捧胡发动的起义。当时，元顺帝慌了，就召集中央的汉族官僚商量镇压的策略。这些汉族地主阶级分子最了解汉人情况，所以提供的办法最为有效。可见蒙古贵族和汉族地主官僚在起义的农民面前，利益是一致的。全国性的大规模起义铺开后，到处有地主阶级组织的武装，与本地无组织的或组织领导不强的农民军对抗。最著名的是南阳一带的毛葫芦兵，他们是乡间的地主武装，因为装箭的袋子像个毛葫芦，所以叫作毛葫芦兵，直到明初还存在。此外，在各地还有所谓“义兵”“义勇”，设有千户府、万户府，全都是地方性的地主武装，组织多少人马，元朝政府就给多大的名义和官职。在当时，民族矛盾当然还是存在的，但是其中交织着地主与农民之间的阶级矛盾。还有一件事看起来很有意思，在赵翼的《廿二史札记》里，有一条札记，题目是《元末殉难者多进士》，所记的大都是汉人。凡是进士，都是地主阶级的知识分子，当然没有穷苦农民。皇帝开科取士，这些地主分子中了进士，就感恩不尽，拼命地帮助皇帝镇压农民起义军。
由此看来，元朝的农民起义，主要是地主与农民的阶级矛盾，而不是民族矛盾。起义者中也有像察罕帖木儿这样的人，名义上是少数民族，但实际上是已经汉化了的少数民族地主阶级分子。