元宗、太子谌、李藏用还有去往燕都的一百多名随从于十七日一同离开了江都。赴燕都途中的一行七百人之中，有六百名是分开行动的，在进入东京后他们便留在了当地，并没有去到燕都，元宗一行人要在东京和他们会合后再一同回国。和来时一样，雪每天都在下，而且还刮起了大风。同样是为雪所困，但来时总想着尽快赶往燕都，情绪高涨，归途则不然，对一行人来说，是一段充满苦涩的旅程。一望无际的天地之间被涂成白茫茫的一片，河面只看到尚未完全冻结的一小块地方露出了些许蓝色。
第五天时他们进入了一个有着一座大寺院的城市，元宗发了烧，只能卧病在床。李藏用和谌商量后，决定留在那里，一直等到元宗的病痊愈。虽然大家都想尽快回国，但是江都已委托给悰代理，应该不会有什么问题。现在西京已经为头辇哥的军队所占据，林衍不可能再有什么异心了。如果有，那就只能说是自取灭亡了。无论是对元宗、谌还是李藏用来说，这次归国的旅途对他们来说实在是太过艰难。北界西海六十座城已成为蒙古的直辖地，去到东京后就得和进驻高丽的殿后军头辇哥的军队同行了。头辇哥的军队在还都之前一定会驻留在开京、江都的，在还都实现之后他们到底会不会撤走还是个疑问。从忽必烈之前的做法来看，说它是一支半永久的驻留部队也不稀奇。
元宗的病情两三天后就有了好转的趋势，但李藏用决定不能有丝毫的勉强，于是又让一行人停留了好几天。之后的某一天晚上，李藏用做了一个梦，他梦见林衍因为背部的疽发作而死去了，这毫无疑问是个梦，但梦醒之后，李藏用还沉浸在那完全分不清是梦还是现实的感觉中。梦中出现了林衍的次子惟茂，他请求赐给自己病死的父亲参知政事一职，自己则想当校定别监[53]。李藏用被惟茂带到了别的房间，那里躺着林衍，走到旁边仔细一看，果然已经死了。
在凌晨微微发白的房间里，李藏用睁开了眼。林衍是不是真的死了？如果林衍已死……他的内心五味杂陈。林衍废立国王导致了高丽如今面临的困境。从这个意义上说，祸害国家的人死就死了，没什么了不起的，但除了对一个死者感觉到冷漠之外，其间还夹杂着悲哀和愤怒。这不仅仅是说林衍，在金俊被杀时，还有在金俊之前显赫一时的崔氏一族被打倒时，李藏用都有同样的想法。这些武将生前都把守卫江都的特别守备队三别抄掌控在手中，对三别抄的力量过于自信，以至于对臣属屈从于蒙古、对在蒙古的皮鞭之下委曲求全的态度并不认同，或多或少都没有放弃据守江华岛的想法。他们在捍卫自己权势的同时，事实上也成为了国家的祸害，但光这样评价他们也不合适。
现在的情况是，林衍之死出现在梦中，实际上他是不是死了还不清楚。如果是真的……想到这里的一瞬间，李藏用脸色都变了。如果林衍的死是事实的话，反对还都的势力就消失了，头辇哥军队进驻的理由不也就不存在了吗？也就是说，高丽又获得了一次上奏忽必烈、建议撤销头辇哥军进驻命令的机会。就算上奏最终无效，但只要还有上奏的机会，那就必须利用。想到这里，他发自肺腑地希望林衍的死不是在梦里，而是现实中真实发生的。
两三天后，一行人离开了那座城市。只上路走了两三天，就又被迫停在了一座被雪覆盖了一半的旷野中的小山村。元宗又卧床不起了。对此，元宗自己和太子谌都显得很焦躁，但李藏用还是觉得元宗的健康最为重要，他反对哪怕有一点点的勉强。一行人在这个村落里住了十多天。等天气平稳一些之后才又出发了。然后又是走一天又在下一个村休养三天的状态。谌说，这样下去的话，等到达江都，漫长的冬天都过去了。李藏用回答说，那也没办法，因为吾王的健康是无可替代的。
李藏用虽然确实担心元宗的健康状态。但并不仅仅如此。他的心里还在期待一件事。那就是使者从江都前来报告林衍的死讯。林衍的死虽然发生在梦里，但从这个梦的真实度来判断，他觉得林衍实际上已经病死在江都了。这一想法在他的脑海里与日俱增，已隐约成形。林衍肯定已经死了。
报告其死讯的使者最迟在三月末前就会到达东京的，他想。
如果这一行人进入东京时，那个报告已经传到东京行省的话，那么，在随头辇哥军一起向高丽进发之前，必须再试着向忽必烈上奏，以阻止头辇哥军队的进驻。正因如此，李藏用心里才暗暗地打着算盘，最好在四月初之前这一行人不能到达东京。他们到达东京是四月十日，从二月十七日离开燕都到进入东京花了将近五十天，这比李藏用所盘算的日子还要长。
虽已进入东京，但江都的使者还没来。李藏用也就放弃了长久以来自己心里对于林衍已死的妄想。元宗一行人到来的同时，早就等在那里的头辇哥军的一部分就作为先头部队离开了东京。两天之后，剩下的部队也夹在元宗一行前后离开了东京。头辇哥军所有的兵都全副武装，这次出动名义上是为了守护元宗，但部队的阵势也着实吓人。
一行人于当月的二十八日泛舟于鸭绿江上，之后到达了位于江中岛上的大富城。过了江就是故国了，那里现在应该已是蒙古的直辖地了。元宗和谌、李藏用看着江流，全都一言不发。一行人所乘坐的船的前后，满载着蒙古兵的数几十艘兵船首尾相接。
五月初时，被头辇哥军前后护卫着的元宗一行人接近了西京。蒙古兵的身影又出现在了眼前。西京已改名为东宁府，安抚高丽使[54]头辇哥率领着号称二千、实际数量是好几倍的兵力驻屯在这里。进入元宗等人视线里的全都是头辇哥麾下的兵。
还有一天行程就要进入西京的那天，头辇哥来到元宗的身边，和他商议派使者前往江都一事。说是商议，只是形式上而已，准确说应该是作为东京行省长官的头辇哥单方面作出了决定。头辇哥的部下彻彻都和元宗的大臣郑子玙两人被选出来作为催促林衍入朝的使者被派往江都。这一天是五月六日。在两个使者回来之前，元宗一行人和头辇哥的部队就留在原地。彻彻都和郑子玙二人于十一日回到头辇哥的行营，报告说林衍已于二月二十五日病逝，其子林惟茂已经继承了父亲的官爵。李藏用梦到的事情实际上已真实发生了。
而报告林衍死讯的使者已于三月七日被派往蒙古——派出他的是作为权监国事留守的元宗的第二子悰。所有事情都和李藏用所预想的一样。只是使者没有经过东京，这一点李藏用没有想到。
元宗让使者郑子玙携去命江都臣僚还都的诏谕，对此江都的百姓们都很平静。诏书内容如下：——帝使行省头辇哥国王及赵璧等率兵护寡人归国，仍语之曰：“卿归谕国人悉徙旧京，按堵如旧，则我军即还，如有拒命者，不惟其身，至于妻孥悉皆俘虏。”今之出陆毋如旧例，自文武两班至坊里百姓，皆率妇人小子而出，又漕运新兴仓米一万石以支军饷及行从之备。且虑愚民见大兵压境，必致惊动，宜速传谕，令诸道民安心乐业犒迎王师。[55]
头辇哥军队先出发，间隔一天后元宗一行人也出发了。
十六日时元宗到达龙泉驿，在那里，从江都来的使者告知了他林惟茂被杀、李应烈、宋君斐等武将们被流放海岛的消息。具体情况不详，前来报告此事的使者自己也不了解情况。元宗、谌和李藏用这下才知道江都的动荡与混乱。但林惟茂已经被杀，被流放到海岛的李应烈、宋君斐等武将们原本也反对还都，从这一点来看，在元宗等人进入江都之前，反对还都的势力就已消亡殆尽这种观点是成立的。就这一点来说，事态的发展对还都一事还是有利的。
头辇哥部队五月二十日回到开京后便驻屯在升天府。他直接派人去江都抓了林衍的妻儿。元宗一行人也晚一天进入了开京。头辇哥逼迫元宗即刻实施还都计划。和元宗商议之后，李藏用也觉得事态既然已经如此发展了，或许一口气把江华岛的居民都转移到开京能更好地防止事态的恶化。于是元宗于二十三日命令江华岛的居民还都。
返回的诏使报告说，三别使坚决反对还都，江华岛当即就陷入了混乱。岛内好几处地方都起了火，发生了小规模的战斗。
第二天是二十四日，岛上的一千几百名居民很多人只穿着衣服跑进了开京，人人都说，想离开江华岛越来越难了。
分不清到底是盗贼还是三别抄士兵的人正在海上追捕从甲串津、草芝津、碧澜亭等三个渡口向大陆本土转移的居民。
二十五日，和前一天差不多数量的脱岛者进入了都城。
据他们的报告得知，三别抄在岛上各处都贴了禁止离岛的布告，居民们把妻儿、财宝堆在小船上漂在江上时，不断被三别抄的兵船追杀。头辇哥逼元宗同意自己亲自率兵出战以平息事态，但元宗、谌和李藏用都强调己方要亲自处理此事，拼命制止头辇哥军队出动。他们必须极力避免头辇哥军的出动刺激到三别抄。因为，原本三别抄会做出这等举动，就是因为头辇哥的大军进入了开京。
李藏用把入朝蒙古时的一行七百人和为了迎接元宗而从江都来到开京的三百名左右的将士派到与江华岛相对的几个地方，让他们负责收容从岛上脱身的人。脱逃的人不分昼夜身无一物地逃往江岸。夜里，本土和岛上都点了篝火，于是汉江的水流都呈现出异样的红色，可以看到大大小小的舟艇在红色的水面上你追我赶。
二十七日凌晨，元宗把郑子玙派到江华岛告谕三别抄，同时自己也亲自驻辇于文殊山山腰上的文殊寺中，文殊山和江华岛近在咫尺。接近中午时分，宫城里的妃妾、侍女们等一群人都成功逃离江华岛，进了升天府。下午，元宗又把将军金之氐派到江华岛去宣抚三别抄，但没有任何的效果。这一天头辇哥又逼元宗出兵，元宗恳求他再通融两天。
二十八日元宗又把数名武将派到了岛上，但赴岛的使者尽数为三别抄所捉。这天夜晚，焚烧江华都城的火焰照亮了整片天空，从开京都能望见。
二十九日，元宗和谌、李藏用合计之下，最终宣布解散三别抄。谁都明白，再这样下去事态就难以控制了。高丽的当权者们不想让头辇哥的军队出动，那样局面会更混乱，于是选择解散三别抄。元宗安排一名被俘的三别抄的士兵携带诏书前去岛上传令。可以想象，因为这道解散三别抄的命令，三别抄内部必定会出现种种不统一的看法，如此一来，他们那原本有组织的行动也就自然瓦解了。
三十日，江上异常的平静。岛上逃出的大大小小的船只可以畅行无阻地渡江。之前所发生的就像是一场梦，三别抄的兵船一艘都看不到，都消失得无影无踪了。
六月一日，从岛上逃出来的人们报告说，将军裴仲孙已经成为了三别抄的统帅，他拥立永宁公 的长兄承化公温为王，并组建了新的官府。这样一来事情就不只是混乱，而是明显往内乱的方向发展了。
第二天的六月二日，头辇哥传令麾下的三千名士兵出动，随时准备进攻江华岛。舟艇被从沿岸的各个村落中征集而来，分布在十余处。元宗和谌、李藏用此时已经没有任何理由去阻止头辇哥军出动了。
三日，李藏用和太子谌两人决定前往江华岛。李藏用还没放弃平息事态的希望。他要在蒙古兵登陆江华岛之前再见一次三别抄的首脑们，以阻止国土陷入更大的混乱中。李藏用和谌从升天府乘船前往江华岛已接近中午时分了。两人带了数名随从，先从岛北端登陆，而后乘上了同船运来的马，接着再向江都进发。他们没有带很多随从，因为担心这会刺激到三别抄。
一行人路过的几乎每个村子里都看不到人影。据偶尔出现的一个老爷爷所说，听说蒙古兵来了就会杀人，所以村民们都躲到树林里去了。而在另一个村子，只看到一个站在路边的青年，询问之下才知道，三别抄想征召每个村子里的男女，所以村民们全都跑到山里躲起来了。他们所说的都各不相同。
接近江都时，村子里倒是还能看到村民们，但很多人都趴在地上大哭大叫。说是年轻人全被三别抄抓上了船，随三别抄一起往南边去了。女人们的丈夫和孩子都被抓走了，她们撕心裂肺的哭声响彻天地间。
一行人进入了江都。江都的样子全变了。所有的房子都已被毁，家中的物件散落在路上，王宫的一部分和官衙街都被烧毁，还有些地方在冒着烟。王宫里有少数的士兵在守护，悰倒是没事，但金刚库[56]的大门已经被毁，其中的大部分兵器已被抢走。
据悰所说，将军裴仲孙和夜别抄[57]指谕卢永禧二人作为首谋者发动了这次叛乱。他们拥立承化公温为王，把金刚库里的兵器分发给士卒们，今天一大早就把公私财物、妇女儿童都放到了船上离开了江华岛。撤退的船首尾相接，一直从仇浦连到缸破江，数量多达上千艘。恰好百官们都赴开京迎接国王去了，他们的妻儿很多都被三别抄抓住了。将军李白起和玄文奕的妻子、直学[58]郑文鉴等都因反对裴仲孙而被斩杀。
李藏用先派使者前往开京，然后直接封了金刚库，在全岛张贴布告以安定民心。又派人把因渡江而溺死漂过来的尸体收集起来烧掉。
三天之后，还都正式开始。王宫、各个官衙都被搬到了开京，武人和官吏们把自家所有的物品都搬到了开京。高丽王朝断然实施重返大陆的计划。但谁也不曾预料到的是，还都居然是在如此混乱、牺牲如此之大的情形下实施的。还都开始当天，江都的天清澈得一片云都看不到。天上的太阳十分耀眼，在所有人的眼中看来都显得那么空虚。江都在一日间便成了一片废墟。在这片废墟尽头，有初夏的风拂过，海的声音听起来很近，大群的鸟儿落到了北边的城墙里。
搬到开京就是回到了旧都，在所有人的眼里看来开京都是一座崭新的都城，崭新得让人感觉陌生。六月中旬，当新都城里临时的官衙和给文武百官们建造的粗劣的府邸在不分昼夜加紧建造时，前一年夏天离开江都前往日本的国信使金有成等人回来了。一行七十人从开京的南门进入。虽说是南门，但城门皆已毁于战火，夏草从铺设在地面的大块条石之间探出头来。一行人就从那里进了城，在两处蒙古兵的屯所接受了查验，然后沿沙尘飞舞的都城大路径直向王宫走去。
一行人先是在临时搭建的宫殿的一间房里接受了茶点接待，但每个人都因心系着家人的安全而忧心忡忡。
金有成径直谒见了元宗，上奏了日本之行的前后经过。
一行人是去年九月十七日到的对马岛，在伊奈浦短暂停留后，奔赴九州太宰府，住进了守护府。今年二月之前一直留在当地等候日本朝廷的返牒，但最终还是没有等到，于是只能回国。
根据元宗的指示，金有成要把事情的原委上奏给忽必烈，于是他在第二天便踏上了入朝蒙古的旅程。
放弃江都逃到海上的三别抄曾作为江都的警备队立下赫赫战功，但眼下只能被冠上叛乱暴徒集团的名号了。作为元宗也不得不放弃了叛军三别抄，六月十六日他把参知政事申思佺作为讨贼将军派到了全罗道。申思佺所率士兵仅有一百人。他在全罗道听闻三别抄在大陆上现身，于是又折返回了开京。谁也不知道他是因为害怕三别抄而逃回来，还是因为在做好被羞辱的思想准备后，决定避免与常年同为高丽军一翼、一起共参国事的三别抄交战。对此，他什么都没说，只是一味蛰居。即日申思佺就被免了官职。
三别抄拥立承化公温并设置官府是不可饶恕的行为。但他们这么做与其说是对高丽王朝的背叛，不如说是对长久以来一直压迫高丽的蒙古的反抗，是这一反抗意识积累后突然爆发的结果。蒙古军以监视还都为由进驻高丽只不过是导火线而已。因此除了那些被三别抄夺去妻儿、杀掉亲朋好友的人之外，一般的民众就算不希望他们势力增强，也不一定都盼着他们灭亡。都觉得他们替自己做了想做但又不敢做的事情。首领裴仲孙等可以被剿灭，至于三别抄的士兵们，如果可以的话还是希望能饶过他们的。元宗和李藏用也有这番心思。但只要三别抄之乱还没平定，头辇哥军队就不可能撤退，今后蒙古军还可能以此为由进驻高丽。
八月，三别抄占领珍岛，侵掠了附近的州县，所作所为越来越像强盗。消息传到开京后，元宗任金方庆为全罗道追讨使，下达了讨贼的命令。此前金方庆和蒙克多的军队一起驻留西京，为了不让蒙克多的军队开到大同江以南，他始终在暗自努力。头辇哥军已进驻开京，如果蒙克多军也南下的话，那高丽混乱的局面会愈演愈烈的。
金方庆遵照命令进入了开京。一接到追讨三别抄的命令，便即刻率军出发。他担心如果晚一天出发，就会给蒙古兵介入的机会。金方庆所率领的亲兵不过六十余人。本国的叛乱要以本国的兵力来收拾，这使他无暇顾及兵力的多寡。
如果可以的话，他想面见三别抄的首领裴仲孙，商谈一下该如何解决此事。但金方庆的预感对了，从蒙古派来和头辇哥交接的蒙将阿海以这是忽必烈的命令为由，提出要加入三别抄讨伐战中。高丽没有拒绝他的理由。
九月中旬，金方庆和蒙将阿海一起率领由高丽、蒙古混编的军队一千人——可以说几乎全是蒙古兵——朝着开京进发。对金方庆来说，这是对同一血统的同族人的征讨，多少还有所顾忌，但对于阿海来说，这只不过是对他国暴徒的镇压而已。所以一开始两位指挥者之间就水火不容、不可协调。征讨军进入三别抄士兵横行的泉州，又开到罗州，四下追着敌人跑，最后到达了他们的据点——珍岛对岸的三监院。在数次的交战中，双方各有胜败。这时出现了“金方庆通敌”的传言。为此，金方庆不得不一度返回开京去证明这是无稽之谈，然后再重返前线。立场各异的高丽的将军和蒙古的将军只要一起站在战场上，这种争执几乎都会爆发。至元七年，即元宗十一年的秋天就这样在忙乱之中被送走了。
不断有与三别抄作战的捷报从南部半岛传到位于开京的高丽政府。此时的李藏用感受到了渐浓的秋意，一种类似于梧桐叶大片大片无声掉落的感觉，却没有捷报带来的喜悦。
十二月，忽必烈的诏令突然下达了。
——朕惟日本自昔通好中国，又与卿国地相密通，故尝诏卿道达去使讲信修睦，为渠疆吏所梗，不获明谕朕意。后以林衍之故不暇及今，既辑尔家，复遣赵良弼充国信使，期于必达。仍以忽林赤、王国昌、洪茶丘将兵送抵海上，比国信使还，姑令金州等处屯住，所需粮饷，卿专委官赴彼逐近供给，鸠集船舰待于金州，无致稽缓匮乏。
除此之外，还附上了诏谕日本书函的副本。
——盖闻王者无外，高丽与朕既为一家，王国实为邻境，故尝驰信使修好，为疆场之吏抑而弗通。所获二人，敕有司慰抚，俾赍牒以还，遂复寂无所闻。继欲通问，属高丽权臣林衍构乱，坐是弗果。岂王亦因此辍不遣使，或已遣而中路梗塞，皆不可知。不然，日本素号知礼之国，王之君臣宁肯漫为弗思之事乎。近已灭林衍，复旧王位，安集其民，特命少中大夫秘书监赵良弼充国信使，持书以往。如即发使与之偕来，亲仁善邻，国之美事。其或犹豫以至用兵，夫谁所乐为也，王其审图之。
元宗读罢诏书，捧到与头部平齐的位置后，把诏书装进了盒子中。虽然暂时忙于其他事务而无暇顾及，但这名债主却始终没有忘记自己，突然恰到好处就出现了。林衍的国王废立事件，崔坦的叛乱，西界北海的内附，蒙克多军的进驻，头辇哥军的入国，三别超的叛乱，还都，——从去年到今年，许多的事情像一阵波澜一样涌了过来，这使他忘记了最重要的事。但在那阵波浪过去后，一个真正的、和别的完全不是一个级别的大浪紧接着就杀了过来。等诏使走后，元宗把诏书递给一旁的李藏用。李藏用毕恭毕敬地打开了。
读完之后，李藏用忽然有了种想要刺死忽必烈的强烈念头。除了把忽必烈从这个世界上抹杀掉以外，他再也想不出别的什么办法了。如果能的话他当然会去做。若能刺杀成功，那该是多么地畅快啊。但那种激情很快就从李藏用心里消失了。他的脸色很快恢复了往日的平静。他对元宗说道：
“臣今年七十岁了，在处理国难时已经力不从心。但眼下臣必须保重身体，哪怕能多活一岁也好。灾难苦患一旦来了，就一定会接二连三的。人和国家都如此。但如果能解决掉其中任意一个灾难或是苦患的话，那就会成为一种契机，就能把它们一个个地解决掉。为了迎接这一时刻的到来，我们必须能经受得住痛苦的时刻。李藏用要活到所有事情都好转的时候。忽必烈要向日本派遣国信使，此事和之前不同，诏书内容非同一般。但光凭这个还不能断定他一定会派军征讨日本。一切都要看日本的态度而定。作为高丽来说，无论如何都必须阻止日本作出刺激蒙古的举动。高丽目前能做的唯有这件事了。”
李藏用说着，表情变得极其僵硬：
“我们高丽自己要往日本派遣使者。在蒙使赴日之前，我们先把使者派到日本。日本的统治者们有必要事先了解这次蒙使派遣意味着什么，忽必烈决心如何，蒙古的国力到底怎样。如果日本清楚了，想必不会鲁莽行事。臣以为，这是高丽必须做的最要紧的一件事。还有就是要尽快平定三别抄之乱，此其二。虽然我们很同情三别抄的士兵们，但在国家生死关头作乱，就只能作为国家的仇敌，这是绝不容许的。
如果不借助蒙古兵就无法平定的话，那我们就必须借助蒙古兵的力量。关键是要尽快消除内乱。国家内部乱了还怎么防备外患。据诏书所说，蒙古大军要由三名将领指挥进入我国。眼下我们无法阻止。他们一定会长期驻屯的，最可怕的是，这些部队会屯田并定居下来。这是必须要阻止的，但臣还没有什么方法。早一日镇压内乱，打消蒙古征讨日本的念头，否则无法缓解人们对蒙古屯田的不安。”
李藏用说道。说到最后，他甚至强烈地感觉到，或许一切都已经太晚了。忽必烈最想做的事，肯定就是要把蒙古兵永久驻屯在高丽。在赴日国使回国之前，他没有理由也没有必要把蒙古大军囤积在半岛南部。因此为了派遣国信使而进驻高丽只不过是个借口，其目的还是想把大军投入到高丽来。为了让蒙古大军成为永久的驻屯部队，他派他们屯田，因此才不给高丽增添些许的负担，这是可以理解的。十二月二日，为了上奏还都及三别抄作乱一事而入朝蒙古的太子谌回来了。随同谌一起回开京的还有蒙古断事官[59]不哈。不哈谒见了元宗，在席间说道：
“听说林衍废立国王时参与谋叛的人都还在朝中，不问其罪，何以惩恶？”
显然是在说李藏用。元宗沉默了。李藏用也在席间。他感觉自己反而被原本想要刺杀的忽必烈用短刀刺了一刀。
“陛下或许觉得臣当时就该死的。但是无论如何，李藏用那时还不能死。希望你归国之后可以向陛下禀明此事。”
李藏用说道。
第二年至元八年正月五日，元宗免去了李藏用的官职。
不哈是肩负着把李藏用逐出朝廷的使命来到高丽的，因此，元宗不得不遵从这一指示。十二日不哈离开开京返回蒙古。
几乎就在同时，去年年末降下的诏书中所说的要派往日本的国信使赵良弼和库临其、王国昌、洪茶丘三个蒙古将军率领着两千名士兵家臣们进入了开京。元宗和都出到都城北郊去迎接这一行人。
开京里满是蒙古士兵。除了接替头辇哥的阿海所率的军队之外，还有新来的蒙兵们，于是所有的民房都被占了。元宗本来对入境监视还都事宜的头辇哥军在还都后还一直留在高丽颇有异议，但由于统帅的头辇哥和阿海的交接，不知不觉中这支军队的性质已经完全改变了。现在可以说已完全成为三别抄讨伐军了。三千兵力的三分之一开往前线，剩下的全都留在了开京。前线部队和留在开京的部队之间经常一点点地相互交替。因此，既有不断从前线回到开京的士兵，也有不断从开京往南进发的部队。
就在此时，库临其、王国昌、洪茶丘等人所率领的部队开进来了，开京也因此完全成了蒙古的军都。高丽兵只有分布在王宫里的极少数的士兵，不足一百名。这几十年间，高110丽拥有的唯一防卫兵力三别抄现在已成叛军，各地虽然还留存有少许兵力，但也不能把他们都调到开京来。他们进京以后才知道，原来国信使赵良弼出使日本是在秋天九月时就已经定下来的。新来的蒙古兵肩负着在赵良弼赴日未归前驻留金州、合浦一带的任务，所以如果是从国信使出发的秋天开始算的话，他们驻留期就是从这一年的秋天直到下一年，还早得很。这意味着早在九月就来到高丽的这支军队，很长的一段时间都要留在这个国家了。实质上，高丽的首都现在已经完全被蒙古兵所占领了。
三月三日，蒙古的忻都、史枢两位使者到来。两人带来了忽必烈的诏书：
——朕尝遣信使通谕日本，不谓执迷固闭，难以善言开谕。此卿所知今将经略于彼，敕有司发卒屯田，用为进取之计，庶免尔国他日转输之弊，仍复遣使持书先示招怀，卿其悉心尽虑，裨赞[60]方略，期于有成，以称朕意。
毫无疑问，这是关于屯田置立的诏书。李藏用所担心的事情终于成为了现实。使者忻都、史枢二人肩负屯田经略使的职务。诏书中有“发卒屯田”的表述，但不知屯田部队是指现在在都城里的库临其、王国昌、洪茶丘等部队，还是负责讨伐三别抄的阿海的部队，又或者以上都不是，有别的新的屯田部队要入境来？
李藏用已成为了市井之人，正闲居在都城一隅。元宗派人带上诏书的抄本，把这件事转告李藏用。高丽朝中几乎每天都有蒙古的武将，所以元宗没能找到和李藏用见上一面的机会。李藏用写的回函很快就送了过来。其中说道，无论发生何事元宗都不能惊慌。这并非指常人完全预料不到、让人完全束手无策的事。高丽这几年发生的事件其实都是可以预想得到的。忽必烈也是人，既然是人，他能想到的事情也终究是有限度的。关于屯田置立一事，说明忽必烈手里的棋子已经下完了。现在虽然无法预料是要把蒙古兵作为屯田兵配置在我国，还是会派新的蒙古兵来，但既然形势如此，不管是哪种情况都没什么大不了的。屯田兵会征收所有的物资，因此高丽今后将会面临极大的痛苦，这也是无奈的事。臣最近年老体衰，什么病都找上门了，今后会越来越痛苦。原本在这些病到来之前还觉得不能忍受的，但等它们真的来了，却意外地发现自己还能忍受。陛下要忍受下去，高丽的人民也必须要忍。在忍受这些痛苦的同时，希望陛下能做两件事。一是尽快镇压内乱。另一件就是去年年末所奏之事，这不好写在书面上，但是希望务必实行。忽必烈对日本抱有何种想法目前已经很清楚了。万一要发兵征讨日本，那对高丽来说就不再只是痛苦，而是死路一条了。
元宗立即明白了李藏用要自己去做什么事。甚至当时说到此事时李藏用那痛苦的表情都历历在目。那就是，从高丽自己的立场出发，在赵良弼赴日之前先行派出使者。这样做究竟有无效果不得而知，但元宗还是想试试。只是这么做需要下很大的决心。说起来，这是对忽必烈的背叛行为，要做的话就要神不知鬼不觉。事情一旦败露，无论是高丽也好，元宗也罢，都会面临悲惨的命运。今年秋天赵良弼出使日本一事恐怕就会决定是否要派兵征日了，这将左右高丽的命运。从这个意义上说，为了高丽的国运，如果行之有效，那就必须去做。一旦事情发展到了蒙古出兵伐日的地步，那就像李藏用所说的那样，高丽面临的只有死路一条了。
屯田经略使忻都、史枢来到开京几天后，中书省关于屯田的书函被交到了元宗手里。书函中明确了蒙古的高丽屯田计划，以及高丽对此会负担的责任。忻都和史枢两人对此先进行了补充说明。
根据他们的说明，监管屯田相关的一切事宜的官衙被称[61]
为屯田经略司，置于东宁府治下的凤州。屯田置立的场所包括开京、东宁府、凤州、黄州、金州等十一处。屯田的官兵就是现在驻屯在高丽的蒙古全军。
听完两人的话，元宗不由得倒吸了一口凉气。如果说屯田的官兵就是现在驻屯在高丽的所有蒙古军的话，那么数量是很大的。往少了说也不会低于六千人。而且诏书里还写了更为不寻常的事情——屯田所需的农牛六千头的一半，即三千头，需要高丽准备，蒙古会以绢作为交换；所有的农器、种子、军马草料以及今年秋天的军粮等全都由高丽负责提供。
元宗突然有一种想要大喊出来的冲动，还好总算忍住了。他开始相信李藏用的话了。人这种东西，就算遭受多么大的打击也总能忍住的，国家也一样，就像李藏用说的那样。
元宗立刻把农务别监[62]派往各道，安排人把耕牛和农具运到凤州，然后上书给中书省：耕牛三千头虽然是很难接受的数目，但既然是皇上的命令，那就不再申辩了。对官绢下赐一事感恩戴德。经略使史枢、库临其、赵良弼、王国昌、洪茶丘等人商议之后，让高丽告知实际缴纳的耕牛、农具、种子等的数量。高丽答复说，在农作期间肯定赶得及交付耕牛一千零一十头、农具一千三百个和种子一千二百硕[63]。在年内可以提供包括上述的一千零一十头，共计两千头的数量。农具、种子虽然比贵国所要求的数字要少，但会努力争取，逐渐达到所需要的数额。军粮方面也会尽力筹措，保证不让贵国的兵马忍饥挨饿。
在高丽的君臣们为处理此事焦头烂额的关键时刻，三别抄的势力正不断增大的报告一个接一个被呈报到开京。三别抄在西起全罗南道的长兴府、东到庆尚南道的合浦、金州一带，一路侵掠南海各个州县，现在已经控制了三十多座岛屿。
屯田经略使忻都到达开京后不久就接到了任务，要他统率所有的蒙古驻屯军。阿海被从前线召回，忻都成为了阿海所率部队的统帅。北界西海的驻留军也是如此，指挥者蒙克多被令归还，其军队也都由忻都统率。除此之外，洪茶丘所指挥的高丽归附军一千、新入境的永宁公 的两个儿子熙及雍所率的高丽归附军一千人也都接受了忻都的指挥。永宁公跟随头辇哥军进了高丽，但不久就生了病，只得返回自己的领地辽东，由其两个儿子顶替着进入了高丽。还有和赵良弼、洪茶丘一起来高丽的库临其、王国昌两位武将也被从要职上撤了下来，驻留高丽的所有蒙古军的指挥权都集中到了忻都一人的手里。从此刻起，和忻都一样，二十八岁的青年武将洪茶丘在高丽的存在感逐渐增强起来。
在和蒙古军交涉的过程中，元宗和忻都、洪茶丘两人见面的时候最多。每当此时洪茶丘总是一言不发，全由忻都一个人发话。但到了关键时刻，忻都总会看向站在一旁的洪茶丘。他看着洪茶丘的眼色，附和着元宗的话语，或是否定其中的某些地方。不仅仅是元宗，高丽的朝臣们也都有同样的感受。忻都所说的、所想的都显得很体谅高丽，而洪茶丘却丝毫不会。从他嘴里说出来的话也就是“诺”和“否”之类的而已。但他嘴里说出的“否”这个词中包含着难以形容的冷酷，让人觉得极其讨厌。
四月中旬，为了讨伐盘踞珍岛的三别抄，忻都率军离开了开京。永宁公 的两个儿子也各自率军加入了战斗。半个月之后，洪茶丘也率领仅仅由高丽归附人编成的征讨军离开了开京。不管是忻都还是洪茶丘，元宗都亲自站在王宫前面给出征军送行。这两次出兵都是为了镇压本国的叛乱，而且是在忽必烈的命令之下出动的，所以忽必烈必须得出来送行。
战斗以惊人的速度展开。忻都、洪茶丘、 的两个儿子、金方庆也都加入其中。五月五日他们就进入珍岛，并很快攻陷了那里。捷报不断传到元宗处。每次接到捷报时，元宗就把使者派往忽必烈那里。三别抄的男男女女被俘的有一万余人，被拥立为王的承化公温被斩，首领裴仲孙战死。战败的三别抄由金通精率领着残兵败将远遁耽罗岛。
战斗进行期间，开京的大街小巷久违地重现了高丽首都的面貌。蒙古兵大都往南部去了，所以街上很少见到蒙兵的身影，而高丽的男男女女们的身影则很是醒目。各个街口都设了市场，人流熙熙攘攘，贩卖物品的声音随处可闻。高丽的百姓们毫无例外都是穷人，全都衣衫褴褛。但这里毕竟是开京，和乡下的农村比起来还是要强得多。百姓们的诉求每天都通过地方官员传到元宗的耳朵里。
六月七日，蒙古军队还没返回都城，为了上奏三别抄讨伐战的情况，以及详细说明屯田置立引起的本国的惨状，元宗把太子谌派往蒙古。把负责供给屯田军的痛苦直接传达给元祖忽必烈，这是谌入朝最大的目的。
谌离开开京时，街上流传着一些奇怪的传言。这些流言也不知道是从哪里传出来的。——所谓从都城出发的讨伐军打败了三别抄，其实都是误传，实际上是三别抄打败了忻都所率的蒙古军，忻都和洪茶丘都在珍岛战死了。谣言传得有鼻子有眼的，甚至传到了王宫里的侍女们耳中。而三别抄不久之后就会回到江华岛的谣言也一直在流传。
针对这种无凭无据的传言，元宗发出了严厉的禁令，但根本没法平息。这个传说一直持续到忻都所率领的蒙古兵团终于列队涌入城中为止。讨伐军是七月初返回的。
这一天元宗去到都城南门迎接回归的部队。总帅忻都走在最前方，由少数骑兵前后护卫着进了城，接下来就是蒙古军，之后是金方庆、洪茶丘、 的两个儿子的部队。时隔十个月元宗和金方庆又见了面。金方庆是去年九月和阿海一起离开开京的，那时他想，就算拼了性命也要说服三别抄的首脑们。但结果还是没能做到。作为唯一一个加入三别抄讨伐战的高丽武将，可以料想金方庆内心的感受有多复杂。在他离开都城一年期间，高丽经历的路程变得愈加艰难。金方庆的脸被晒黑得看起来简直都不像是人脸了，只有从元宗前面走过时，他才把脸转向元宗一边。离开都城时他只带了六十名左右的高丽士兵，而现在，一千名左右的高丽兵跟在他的后面。有从地方上征集上来的，也有来自三别抄阵营的。